Che versione di TeXworks hai? il mio TeXworks dispone di comandi solo per usare un programma alla volta.
Comunque se leggi la documentazione di arara e i suoi esempi (finestra comandi: texdoc arara) puoi farlo direttamente quello che vorresti fare con pdfLaTeX+Biber+MakeIndex senza bisogno di nessuno scrpit; basta scrivere le righe magiche specifiche all’inizio del file .tex; le righe magiche sono righe che permettono di eseguire molte azioni direttamente con l’ediotr (lo fanno TeXShop, TeXworks, TeXstudio e d altri ediotr) sia tramite arara che va comunque abilitato; nella documentazione di arara c’è scritto tutto anche come fare a far compiere ad arara azioni che non sono già predisposte.
Comunque permettimi un consiglio: in primis, usa il pacchetto imakeidx che ci pensa da solo a comporre l’indice analitico — leggine la documentazione con texdoc imakeidx; secondo, io, fossi in te, non eseguirei mai bibtex o biber di default ad ogni compilazione; sarà che io compilo molto e aggiorno la bibliografia poco; l’importante è che la bibliografia sia aggiornata quando il documento è terminato. Quindi io non premerei mai un pulsante che oltre a lanciare pdfLaTeX faccia andare anche gli altri due programmi, specialmente se c’è biber di mezzo; esso è relativamente lento a causa della molteplicità di azioni che è capace di fare, quindi potrebbe succedere che per comporre la bibliografia ci metta più tempo di quello che pdfLaTeX impiega per comporre l’intero documento.
Con arara, almeno, puoi (ulteriormente) commentarne le righe e arara non fa nulla; poi alla fine del della lavorazione del documento, probabilmente dopo settimane da quando hai cominciato, specialmente se è un documento di grandi dimensioni, puoi anche comporre la bibliografia,; nel frattempo avrai compilato il documento molte decine di volte, avrai introdotto correzioni, avrai modificato alcune cose che non ti sembrano costituire una forma comunicativa corretta; se compili la bibliografia ogni volta, specialmante con biber, avrai perso in totale un mucchio di tempo.