Un esempio minimo compilabile sarebbe sempre gradito.
Te ne riporto uno (anzi, due) funzionante.
File Primo.tex:`\documentclass[a4paper]{book}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{xr-hyper}
\usepackage{hyperref}
\externaldocument[S-]{Secondo}[Secondo.pdf]
\begin{document}
\chapter{Uno}\label{chp:uno}
\chapter{Due}\label{chp:due}
Ho letto il capitolo~\ref{S-chp:uno} del secondo tomo.
\end{document}`File secondo.tex:`\documentclass[a4paper]{book}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{xr-hyper}
\usepackage{hyperref}
\externaldocument[P-]{Primo}[Primo.pdf]
\begin{document}
\chapter{Inizo}\label{chp:uno}
Ciao
\chapter{Proseguimento}
Ho letto il capitolo~\ref{P-chp:due} del primo tomo.
\end{document}`Ti ho riportato già gli esempi in cui funzionano anche i collegamenti ipertestuali, supponendo possano tornarti utili. Se non ti servissero basta caricare xr anziché xr-hyper e togliere il terzo argomento di \externaldocument.
Fran