Allora il tuo lavoro precedente poteva anche funzionare, ma se preparava tre indici analitici distinti, non l’avevi fatto con il pacchetto makeidx, ma forse con il pacchetto imakeidx (noti la i iniziale?). con il pacchetto makeidx (senza la i iniziale) NON puoi preparare tre indici distinti; forse ci riesci usando le classi KomaScript, ma certamante non ci riesci con la classe book.
Pertanto sarebbe importante che ci mandassi un TUO esempio minimo NON compilabile. Prendi il file sorgente possibilimente con almeno un file incluso, se usi file inclusi, ma ridotto al minimo; basta una pagina che contenga un paio di \index{…}; comunque nel preambolo togli tutti i pacchetti non necessari per la prova e controlal che da te le cose non funzionino. zippa il tutto, compreso il tuo file .log, e allegalo al tuo prossimo messaggio; così noi possiamo scaricare, aprire i file, compilare, verificare se le cose vanno storte per errori oppure se da noi funzionano. Nel primo caso cerchiamo di dirti dove sbagli, me secondo vulo dire che la tua installazione è bacata; consigliarti come fare per “sbacarla” sarà difficile, ma ci proveremo.