Ti ha già risposto Enrico; La colpa è dei txfonts; già usando i pxfonts il problema sparisce; sembra strano, ma apparentemente i txfonts contengono un lieve accostamento fra due cifre 1 consecutive, o la cifra 1 preceduta o seguita da un’altra cifra in generale; per cui la stringa 11 è decisamente più corata della stringa 10 o della stinga 12 (lo si vede ingrandendo la pagina) e quindi il numero di pagina 11, essendo accostato a destra lascia a sinistra lo spazio per un ulteriore puntino; non capita quasi mai, ma la tua osservazione che capita quando c’è un 1 di mezzo è molto attenta.
[attachment=890]TestLeaders.zip[/attachment]
Ti accludo il file che hai inserto come esempio minimo compilabile; ho indicato alcuni punti da correggere; ma tieni conto delle indicazioni di Enrico che sono molto accurate; aggiungi le mie che si occupano di altre cose.
Si vede chiaramente che hai reso come modello un preambolo scritto da altri che non sapeva bene quello che faceva, anche se ha usato pacchetti strani come savesym, che davvero è eccessivo per non fare assolutamente nella nel tuo testo; ho inserito un integrale doppio dopo il cappello del primo capitolo e usare o non usare \savesymbol e \restoresynbol non cambia nulla; l’importante è quello di cambiare font matematico dopo aver caricato amsmath e amssymb. Alcune delle osservazioni che ti ho fatto in realtà andrebbero fatte all’anonimo estensore di quel preambolo.
Inoltre ymath serve per disegnare integrali grandissimi e tildi o altre soprassegnature matematiche molto più larghe di quelle di default; il risultato di solito è brutto
Comunque i miei commenti sono scritti in maiuscolo, tranne che per quel che riguarda geometry; lì, veramente, volendo cambiare a tutti i costi e non sapendo bene ciò che stavi cambiando, sei riuscito ad ottenere una impaginazione orrenda. Vedi come ho modificato io a titolo di esempio; sei liberissimo di cambiare ancora, magari riducendo i margini laterali di qualche millimetro, oppure diminuendo i margini superiore e inferiore di qualche (uno o due) millimetro. Devi vedere tu con testatine vere se debbano rimanere esterne alla gabbia o se vi debbano venire incluse.
Inoltre sono quasi certo che metà dei pacchetti nel tuo preambolo non servono a niente; toglili uno alla volta verificando se la compilazione va a buon fine; se tolto un pacchetto e la compilazione va a buon fine, vuol dire che non serviva a niente; toglilo.
Inoltre prendi l’abitudine di leggere almeno un po’ la documentazione dei pacchetti che usi, almeno quel tanto da sapere quello che fanno a che cosa servono; per esempio sai a che cosa serve afterpage? No, perché hai scritto che serve per inserire una pagina bianca. Se equivochi sulla funzione di un pacchetto è chiaro anche che lo usi poi malamente. (nella fattispecie, afterpage definisce un comando \afterpage{…} il cui argomento viene eseguito alla fine della pagina corrente, prima di cominciare la pagina successiva.]
Conoscere con precisione quello che ogni pacchetto di estensione fa o non fa permette di usare ogni pacchetto con cognizione di causa o di non usarlo per niente. Inoltre ogni pacchetto inutile in più che carichi aumenta il rischio di conflitti fra pacchetti, quindi meno ne usi/carichi meglio è.