Secondo me sbagli in questo: tu stai cercado di usare riferimenti verso \label inserite in documento esterni, ma se i tuoi docmenti sono tre file inclusi da comandi ‘include nell’unico master file, questi tre manuale-1, manuale-2 e manuale-3 NON sono documenti esterni.
Vale sempre il concetto che ti ha spiegato @skevin03; i riferimenti vengono letti dai file .aux, quidi questi devono già essere presenti sel disco in cartelle accessibili al sistema TeX.
Quindi se usi l’introduzione dei file mediante \include, devi avere già fatto una compilazione; ma c’è un problema: i tre file che includi NON sono esterni, ma interni all’unco documento, quindi i prefissi A-, B- C- sono irrilevanti, perché comunque i \label interni ad uno stesso documento devono essere assolutamante diversi, altiemneti ti esce un errore di Duplicate label.
Quindi se usi \include non usare il pacchetto xr e non usare i prefissi A-, B-, e C- che non servono a nulla.
Quando invece vorrai fare riferimento a label generati componendo documenti DIVERSI da quello che stai componendo, allora usa xr e usa i prefissi, perché non è detto che i label usati per comporre documenti DIVERSI, siano anch’essi diversi.