Sicuramente usare sempre il font Charter sia come font con grazie, sia al post del font senza grazie, sia al posto del font monospaziato è un’idea singolare e masochistica.
Le impostazioni della pagina sono pessime; ricordati che per geometry il margini top e bottom sono rispettivamente quello sopra la testatina e quello sotto il piedino; il tuo risultato, anche se usi la pagina A4, è che la gabbai del tuo testo è troppo schiacciata.
L’indice non si chiama Index in inglese, ma si chiama Table of Contents; inoltre stai seguendo un approccio alla Word; i comandi LaTeX fanno quasi tutto da soli senza bisogno di specificare \newpage e simili; Forse per la dedica/ringraziamenti devi farlo perché non è prevista di default; inoltre se devi scrivere una tesi, allora scegli una classe per le tesi che generalmente contiene anche un ambiente per i ringraziamenti già intitolato Acknowlegements.
Per l’indice ti basta dare il comando \tableofcontents e ci pensa lui a comporlo come desideri.
Invece di leggere qua e là, scaricati dalla sezione Documentazione di questo sito la guida L’Arte di scrivere con LaTeX; studiale bene e vedrai che quel paio do orette che ci spenderai sopra ti faranno risparmiare giorni. Non occorre che la leggi tutta, ma è importante che la sfogli tutta per sapere che cosa contiene e dove andare a leggere per approfondire. Contiene un ottimo indice (generale) e un buon indice analitico che ti permettono di trovare quello che ti interessa con due click di mouse.