Non è strettamente necessario creare i file dei plot in una cartella separata, ma è conveniente; pensa solo se hai 50 plot da fare separatamente e li tieni tutti nella stessa cartella del documento principale, finisci per avere in questa cartella alcune centinaio di file e non ci capisci più niente.
Ma è anche importante seguire la raccomandazione di @Liverpool, cioè di chiamare ogni grafico con standalone con un nome diverso; vuol dire che devi usare forse sempre lo stesso preambolo ma il file sorgente deve avere un nome diverso epr ogni grafico, possibilmente un nome che ti dica chiaramente di che cosa si tratta, non una cosa com3 pgfplot39.tex per produrre il corrispondente pgfplot39.pdf; ma, per esempio, DifferenzialePosteriore.tex con il disegno in DifferenzialePosteriore.pdf. Cancella via via i file ausiliari. quando devi correggere o comunque modifica un diagramma, hai sempre il sorgente su cui operare. se avesse bisogno di ulteriori file se li crea da sol, al massimo ci vorranno un paio di compilazioni iniziali.
Ne teso principale potrai aver definito un \graphicspath secondo quanto scritto nella guida che leggi con texdoc grfguide e quindi per importare il tuo diagramma scriverai sempre [tt]\includegraphics[width=0.8\textwidth]{DifferenzialePosteriore}[/tt] e non devi pensarci più.
Io trovo questo modo di procedere molto ordinato, semplice, facile per eseguire le correzioni/modifiche, rapido nell’importazione dei file pdf, la cui inclusione è decisamente più rapida, per esempio di una file png (ma stima parlando di secondi o frazioni di secondo).