Usa il pacchetto emptypage per la pagina dietro il frontespizio (la pagina 2 tanto per intenderci); Lascia che la numerazioni continui da 3 con l’indice; è normale che sia così.
Anzi, a stretto rigore prima del frontespizio (che sarebbe la pagina 3, ci sarebbero due pagine di cui la prima con l’occhiello, e la seconda bianca, quindi l’indice è nella pagina 5.
Il frontespizio non è la copertina, ma è una pagina speciale della parte iniziale del libro/tesi, o quel che è; naturalmente per una tesi io non metterei l’occhiello e la successiva pagina bianca, ma nella pagina 1 metterei solo il frontespizio, poi bianca, poi Indice; se metti una Dedica, questa va nella pagina 3 e l’indice comincerebbe nella pagina 5. Che poi i numeri vengano scritti oppure vengano lasciati in bianco non ha importanza; la numerazione comincia con la prima pagina di destra dopo la pagina di risguardo, se c’è.
Incidentalmente le conclusioni non costituiscono un sotto-paragrafo, ma un paragrafo.