Aggiungo qualcosa a quello detto da Tommaso.
Innanzitutto, carichi 3 volte il pacchetto [tt]amssymb[/tt]. Rimuovi le chiamate in eccesso.
Poi il pacchetto [tt]epsfig[/tt] (e anche [tt]psfig[/tt]) serve per convertire automaticamente i file .eps inseriti in .pdf, cosa che [tt]pdflatex[/tt] (compili con questo programma, vero?) è in grado di fare automaticamente da un paio di anni. Rimuovi anche questo. È sufficiente [tt]graphicx[/tt] per includere le immagini.
Attento che [tt]subfigure[/tt] è deprecato. Se hai necessita di utilizzare le sottofigure, usa il pacchetto [tt]subfig[/tt] o il pacchetto [tt]subfloat[/tt] (per ora ho utilizzato solo il primo, quindi ti consiglio quello, ma sono entrambi validi).
Lo sai a cosa serve il pacchetto [tt]layout[/tt]? Non so di cosa parla la tua tesi di dottorato, ma quel pacchetto ti permette di ottenere una pagina con tutte le informazioni del layout corrente (quindi mostra anche in che posizione andranno testatine, pie di pagina, note a margine e il testo, con i valori delle loro dimensioni). Se hai necessita di modificare il [tt]layout[/tt] della pagine il pacchetto da utilizzare è [tt]geometry[/tt] (come ho scritto prima)
Ultima cosa (per quello che so io), è davvero necessaria un’interlinea di 1.3? Se è un imposizione della facoltà non discuto, ma se è una tua impostazione, ripensaci e lascia il valore di default. 😀