Su TeXShop se vai nelle preferenze dell’applicazione, all’interno della tab “Documento” trovi l’opzione codifica. E’ importante che la codifica inserita qui sia uguale a quella che dai con inputenc.
In alternativa puoi forzare TeXShop ad aprire il documento con una data codifica senza passare dalle preferenze con l’utilizzo delle righe magiche. Nel caso utf-8 dovrai scrivere all’inizio del documento
% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
Comunque se vuoi capire bene la differenza che c’è tra la codifica del documento, la codifica che dai con inputenc, l’utilizzo delle codifiche e tutto il resto il consiglio è quello che ti hanno già dato: di leggere la guida tematiche sulle codifiche che trovi nella sezione Documentazione=>Guide GuiT tematiche => “Codifiche in TeX e LaTeX”