Il problema é che stai usando il prefisso nel modo sbagliato.
Tu stai dando a tutti i simboli lo stesso gruppo di appartenenza (o “g” o “r”), quindi é ovvio che lui li metta in ordine secondo le regole di MakeIndex (vedi quanto scritto nella documentazione della classe nomencl).
Quando chiami il pacchetto, dagli l’opzione “noprefix” e poi fa’ attenzione, perché devi scegliere i prefissi in maniera “scaltra” secondo l’ordine che vuoi dare.
Ad esempio, per quanto riguarda le lettere latine che hai elencato nella tua domanda hai due opzioni.
O le ordini manualmente, numerandole tu secondo l’ordine che più ti aggrada, del tipo:
`
\nomenclature[01]{$A$}{Descrizione}
\nomenclature[02]{$\boldsymbol{u}$}{Descrizione}
\nomenclature[03]{$c$}{Descrizione}
\nomenclature[04]{$e$}{Descrizione}
\nomenclature[05]{$\dot{m}$}{Descrizione}
`
(sta’ attento a ricordarti lo zero, perché usa l’ordine lessicografico e quindi ad esempio ti vengono 1 10 15 2 20 3 6 8 9)
oppure guarda qui:
http://tex.stackexchange.com/questions/106541/make-nomenclature-sort-math-correctly/112894#112894
Come viene suggerito, puoi ad esempio dire che le lettere latine prendono l’indice 1 seguito da una lettera di riferimento per mettere il simbolo nella posizione che più ti aggrada, mentre quelle greche prendono il 2 (sempre seguito dalla lettera che ti serve per metterle nell’ordine che ti pare) e quindi ad esempio avrai per le lettere latine:
`
\nomenclature[1a]{$A$}{Descrizione}
\nomenclature[1au]{$\boldsymbol{u}$}{Descrizione}
\nomenclature[1c]{$c$}{Descrizione}
\nomenclature[1e]{$e$}{Descrizione}
\nomenclature[1m]{$\dot{m}$}{Descrizione}
`
seguite poi da quelle greche (perché ci hai messo il 2).
Con entrambi i metodi ottieni l’ordine A, \boldsymbol{u}, c, e, \dot{m}
Non credo esista un modo “automatico” per farglieli stampare nell’ordine che piace a te. Devi solo fare attenzione al modo in cui scegli il tipo di prefisso.
In bocca al lupo…