Ciao,
dal log si legge TeX Live Debian, quindi probabilmente il tuo editor da dove lanci la compilazione è agganciato a questa distribuzione e non a quella da CTAN.
Per conferma, dai il seguente comando da terminale e dovrebbe restituirti la stringa corretta:
`$ which pdftex
/usr/local/texlive/2013/bin/x86_64-linux/pdftex
`
A questo punto prova a lanciare la compilazione da terminale dopo aver costruito un file LaTeX di prova:
`$ pdflatex filediprova`
Se la compilaziione viene eseguita correttamente allora devi semplicemente riconfigurare l’editor, altrimenti devi passare a configurare correttamente il path agli eseguibili.
Di solito in questi casi si disinstalla TeX Live/Debian da package manager, a meno che non hai vincolato alcune dipendenze come nel caso in cui hai l’editor Kile.
R.