il pacchetto bidi è uno dei pochi pacchetti che deve essere caricato per ultimo, anche dopo hyperref.
Il problema con imkaeidx, se questo NON viene caricato per ultimo può avere problemi corposi con alfabeti diversi da quello latino; non puoi usare makeindex come motore di sorting e composizione del file .ind. ma devi ricorrere a xindy. La coa=sa non è per niente facile, perché i file che dipendono dalle codifiche degli altri alfabeti sono registrate nel file distribuiti, e l’autore a cui il problema è già stato segnalato, non cura che la codifica di questi file sia utf8.
Inoltre la documentazione è carente. Con @Teodoro Studita eravamo riusciti dopo molta pazienza a aggiustare le cose epr il greco classico; non ci siamo occupati dell’ebraico, quindi non ti so dire se sia necessario costruirsi da sé il file necessari, oppure se sia sufficiente aggiustare i file esistenti. è certo però che a imakeindx devi specificare come motore non texindy o xindy, ma truexindi e poi passargli le varie opzioni necessarie e specifiche epr far convivere nello stesso indice voci in caratteri latine con voci in caratteri ebraici, il che, comunque richiede un ordinamento alfabetico diverso visto il diverso alfabeto; non ho idea di cosa succeda se i nomi che mandi all’indice sono scritti da destra a sinistra, e i numeri delle pagine da sinistra a destra. ma visto che hai già composto buona parte del tuo testo contenete parti in ebraico, sai già come affrontare questo problema.
Nota il problema NON è causato da imakeidx, ma dal programma esterno, sia esso makeindex o xindy, il secondo dei quali gestisce correttamente i caratteri unicode, ma richiede una sintassi assai più complessa di quella di makeindex.