OK. È normale che faccia così.
Il concetto del database bibliografico con estensione .bib e della sua elaborazione con bibtex, consste nel leggere nel file ausiliario .aux del tuo documento le chiavi dei testi che vuoi elencare nella bibliografioa del documento; bibtex, lette queste chiavi estrate dal database bibliografico SOLO quelle schede che hai citato; le “digestimola” per metterle nella forma richiesta da LaTeX e dalla classe del tuo documento, cosicché alla sucessiva elaborazione del documento viene composta la bibliografia e registrata la corrispondenza delle chiavi; Con la terza esecuzione di pdflatex questa corrispondeza viene usata per sostituire i richiami, porvvisoriamante sostituiti fino a quel momento con punti interrogativi, con i riferimenti corretti della tua bibliografia.
Quindi i casi sono due:
1) o citi esplicitamante i tuoi riferimenti durante lo svolgimento del tuo documento,
2) oppure inserisci prima di \end{document} il comando [tt]\nocite{*}[/tt] che dice, sostanzialmente) a bibtex di estrarre tutti gli elementi del database bibliografico, anche se non sono citati nel documento.
A questo punt quelle quattro esecuzioni in quell’oridne permettono di avere al bibliografia composta e le citazioni eventuali eseguite correttamente.
Naturalemente non è necessario fare quelle quattro esecuzioni ogni volta che cambi una virgola nel tuo documento; nasta che tu lo faccio di tanto in tanto, ma che tu lo faccia prima di considerare il tuo documento completato e terminato, pronto per le stampe.
Quello che ti ho raccontato molto in breve è scritto in qualunque guida: se non l’hai già fatto, scarica qui dal sito dalla sezione Documentazione la guida L’Arte di scrivere con LaTeX e leggi con attenzione il capitolo sulla bibliografia; naturalmente è meglio se la sfogli tutta, almeno sai che cosa contiene; in seguito puoi approfondire meglio gli argomenti che ti premono maggiormente.