@laura88, ho notato che nel tuo preambolo usi i font ae e aecompl; roba vecchia di 20 anni. Oggi usi i font LAtin Modern, che sono solo vettoriali e quindi presentano dei problemini se compili con latex.exe. Mi parrebbe strano che la Springer Verlag usi dei font vecchi e incompleti come glo ae.
Non usare mai latex.exe perché se la tua distribuzione di MiKTeX è sufficientemente recente ed aggiornata, pdflatex incorpora anche le immagini eps e, tramite opportuni pacchetti di interfaccia, può gestire anche i pacchetti PSTricks e subalterni. Inoltre si dispone del pacchetto TikZ e dei suoi moduli di estensione che funziona benissimo con pdflatex e fa sostanzialmente le stesse cose di PSTricks (non proprio, ma quasi, diciamo il 95% delle cose che fa PSTricks).
Il tuo problema potrebbe essere che usi programmi o moduli che creano dei file da compilare separatamente, per produrre imamgini da trasformare in formato png. Ma il modo con cui MiKTeX sembrerebbe gestire queste cose sembra un po’ bizzarro.
Quelle esecuzioni strane, sono strane davvero. Non so che dirti; sono 8 anni che non uso più MiKTeX; perché? Perché pur essendo un’ottima distribuzione per Windows, almeno lo era finché l’ho usato, è, per così dire, di seconda mano. Per gli utenti di Windows contiene delle attrattive non indifferenti, ma il bravissimo Christian Schenk prende da CTAN i file di ogni genere, li ricompone nel pacchetti compressi di MiKTeX e confeziona il tutto per l’uso sulle macchine Windows.
Dal 2006 o 2007 non c’è più la necessità di ricorrere a questa confezione speciale per Windows, in quanto TeXLive è di prima, non di seocnda mano; è aggiornabile, volendo, anche quotidianamente, ma un ritmo di una volta ogni settimana o decina di giorni va benissimo; sei sicura di avere sempre l’ultimo aggiornamento del sistema TeX sotto il confano della tua macchina da tipografia. Ma più che altro puoi sempre essere aggiornata.
Consigli finale; Installa TeXLive 2013 (pronta ad installare fra qualche messe la TeXLive 2014; cerca nell’archivio CTAN con al prola di ricerca texlive; qualunque motore te lo trova); controlla, poi se ti va, smonta MiKTeX: non te ne pentirai.