Mentre io collaudavo, Ivan ha risposto; La definizione del comando \tableofcontents contine \MakeUppercase, quindi bisogna ridefinre il comando stesso; secondo me bisogna ridefinre anche altre parti che hai scritto nelle testaine fancy:`\documentclass[a4paper,twoside,11pt]{report}
\usepackage{fontspec}
\setmainfont[Ligatures=TeX,Numbers=OldStyle]{EB Garamond}
\usepackage{polyglossia}
\setmainlanguage[babelshorthands=true]{italian}
\usepackage{emptypage}
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\fancyhf{}
\setlength{\headheight}{13.6pt}% correggi e non trascinarti ditro tutti quei decimali
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\fancyhead[LE]{\footnotesize\scshape\rightmark}% sposta al formattazione nelle testaine
\fancyhead[RO]{\footnotesize\scshape\leftmark}
\fancyhead[LO,RE]{\thepage}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{\markboth{\MakeLowercase{#1}}{\MakeLowercase{#1}}}% metti qui i minuscoli.
\renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{\MakeLowercase{#1}}}
\makeatletter
\renewcommand\tableofcontents{%
\if@twocolumn
\@restonecoltrue\onecolumn
\else
\@restonecolfalse
\fi
\chapter*{\contentsname
\@mkboth{\contentsname}{\contentsname}}% Bisogna ridefinire
\@starttoc{toc}%
\if@restonecol\twocolumn\fi
}
\usepackage{lipsum}
\begin{document}`
Ma detto questo, sei sicuro che il maiuscoletto in corpo 9pt sia sufficientemente leggibile? Forse lo è e sono i miei occhiali insufficienti epr leggerli, ma trovo che le testatine così siano decisamante troppo minute; \small non va bene?