Bibtex, secondo me non fa confusione; pensa un po ce nel testo sorgente ci fosse scritto [tt]\dots dal riferimento \cite{book:smithandweston}, confutato da \cite{book:smithandmacdonald},\dots[/tt] nel testo composto, seguendo le tue richieste, verrebbe scritto: “… dal riferimento Smith et al. 2008, confutato da Smith et al. 2008,…”; non faresti confusione? Invece con il comportamento di bibtex si hanno le letterine che evitano ogni confusione.
In ogni modo, usando biblatex con biber, probabilmente c’è uno stile di citazione che evita quella cosa che ti capita, ma non sono abbastanza esperto per sapere quale stile di citazione scegliere.
Se inviassi un esempio minimo compilabile, usando anche l’ambiente filecontents per accludere al file .tex anche la bibliografia con quelle due sole intries, ma con il file .tex che contine la parte rilevante del tuo preambolo e un corpo del documento ridotto anche alle sole citazioni, si potrebbe capire meglio come fare.