Per indicizzarlo ti basta aggiungere una riga ll’indice mediante uno dei comandi \addtocontents o \addcontentsline (si può fare con entrambi, ma il primo mi pare più adatto; Qualunque guida ti dice come usarli, la guia tenatica Il LaTeX Reference Manual commentato dovrebbe riportare anche la spiegazione di ciascuno dei due; scarica il documento dalla sezione Guide Tematiche di questo forum, e cerca nell’indice analitico.
Per il link ad un file esterno, te lo sconsigli vivamennte perché il link non si può riferire genericamante al documento, ma deve specificare esattamante il suo indirizzo in rete o sul tuo disco; nel secondo caso nessuno potrebbe leggere il documento, ma solo tu puoi leggelro. nel primo caso se cambi il sito dove è memorizzato il file, il link non funziona più,
Io ti consigli di indicizzarlo come ti ho detto, ma di includerlo con pdfpages; anche se si tratta di un coumento diverso, va bene lo stesso; viaggerà sempre insieme al documento principale.