I pacchetti non sono cose da usare ad occhi ciechi; per esempio hyperref deve ridefinire non solo i comandi \label, \ref e \pageref, ma deve legere le ridefinizioni ai comandi di ciascuna classe o diogni altro pacchetto che definiscono o ridefinisco cose numerabili; e quindi a cui su può fare riferimento con que; tre comandi; per esempio tutti i comandi di sezionamento; i comandi per usare qualunque oggetto mobile/flottante, le coe matematiche a cui si appioppa un numero, siano esse equazioni o teoremi, o congetture o qualunque cosa numerata.
il pacchetto bidi serve per scrivere anche con alfabeti retrogradi (per esempio ebraico, arabo, farsi, eccetera) quindi sia i pacchetti per usare quell lingue (pacchetti che a loro vota richiamano bidi) sia il pacchetto bidi caricato da solo devono essere caricati dopo hyperref, perché la direzione di scrittura influisce sui riferimenti alla cose numerate e alcuni comandi di hyperref devono venire ridefiniti per tenere conto della direzione di scrittura.
Come vedi la cosa è complessa; molti errori spesso sono causati non solo dalle “option clash” ma anche dall’impossibilità di ridefinire comandi che non sono stati ancora definiti, perché il pacchetto che li definisce viene caricato troppo tardi.