No, i permessi non c’entrano niente; i file dei pattern vengono solo letti; nel caso specifico della creazione dei formati, vengono letti da programmi lanciati da root, quindi volendo, root potrebbe anche modificarli, sebbene sia una coasa piuttosto insolita da fare. Sembra che con luatex lo possa fare il singolo utente, quindi la mancaza del w nella nella colonna owner potrebbe impedire a luatex di lavorare correttamente se l’utente decidesse di modificare i pattern. Non sono sicuro di quel che dico, perché ho letto qualcosa del genere in una descrizione di luatex un paio di anni fa, ma io non mi sognerei mai di modificare cose csì delicate come i pattern, specialmente se non li ho scritti io (in questo campo mi sono fatto una certa esperienza, ma la cosa è delicata lo stesso).
Incece hai qualcosa che non va nella configurazione della tua installazione; se leggi il file xelatex.log vedi che è stata caricata la sillabazione di solo 23 lingue (da 0 a 22); guarda le righe da 531 a570 del tuo file .log. Il mio file .log ha l’elenco delle lingue che va da 918 a 994 per un totale di 80 lingue (da 0 a 79); l’ultima è il welsh.
Ora non so davvero che cosa manchi da te, o perché, senza dare errori, la tua installazione carichi solo 23 lingue, dall’inglese al portoghese, ma saltandone molte strada facendo.
Penserei che i file language.dat e language.def non siano complete, oppure che disponi di file locali che elencano solo un sotto insieme di lingue.
Contolla ancora che nei file language.dat e/language.def siano elencate 80 lingue; hai una installazione incompleta e questo non va bene; d’accordo, non comporrai mai in mongolo, ma per evitare problemi è necessaria una installazione completa. Non escluderei che i vari pacchetti parziali che costitusicono la TeX Live completa siano stati modificata dalla versione 2013 alla 2014, ma non è impossibile visto quello che ti succede e visto il file .log.