No @robitex, se non mi sfugge qualcosa il gioco di \includeonly nel preambolo e \include nel copro del documento è l’unca cosa o una delle pocche cose che condivido.
Ma per esempio le quattro penalità di 9999 (a cui manca \@clubpenalty), ammesso cheservano a qualche cosa vanno messe prima della chiamata al pacchetto nowidow.
Isabelle dice che chiude i capoversi con un \\ seguito da una riga vuota; quello certamante è la font di un messaggio di errore che si ripete ad ogni capoverso. I CAPOVERSI SI TERMINAO SOLO CON UNA RIGA VUOTA SENZA MAI USARE \\
Il messaggio che ci sono del lable difiniti più volte; altro errore che implica messaggi d’errore prolissi; i \label devono essere unici fra tutti i file che compongono un documento; i \ref possono venire ripetuti quante volte si vuole; lo stesso per i \pageref ed altri comandi per fare riferimeto alle label univoche impostate co i vari comandi \label.
Hbox troppo piene? molti messaggi di questo tipo epr scatole che sporgono di valori vari, alcune molto alcune poco? probabilmente la sillabazione non è a posto ma bisognrebbe vedere almeno l’immaigne di una pagina che contenga una o più righe troppo piene per vedere quale si il difetto; Isabelle; nella Guida GuIT, scaricabile qui dalla sezione documentazione, ché un capitolo dedicato alla sillabazione dove vengono spiegati i motivi epr i quali (pdf or Xe or lua)latex non esegue la sillabazione per niente. Vedi se si applica al tuo caso. Se usi molte note appendendole a parole specifiche, questo potrebbe essere una causa di mancata sillabazione; conviene allora ricordare di mettere le note dopo i segni di punteggiature, ma se si devono appendere a parole specifiche basta interporre questo piccolo comando: [tt]\hz[/tt] definito così:`\newcommand*\hz{\hskip0pt\nobreak}` che consente di unseriee un grumetto di spazio di larghezza nulla, oltre ad una penalità per non andare a capo in quel punto. Allora il motore di composizione riconosce la parola prima della naota come una vera parola, e la divide in sillabe se è necessario. Ma i motivi per le righe troppo piene non sono solo questi.
L’errore di biblatex che la chiave labeldate gli è totalmente sconosciuta mi pare un errore spiegato benissimo.
Mi pare che manchi la chiamata la pacchetto fontspec prima di impostare il font di testo e il font senza grazie; secondo me non è una buona cosa caricare il pacchetto xltxtra che a sua volta carica fontspec, ma con le sue opzioni, non necessariamente con le opzioni che vuoi tu. Per il resto xltxtra serve a poco la documentazione dice che quel pacchetto carica anche fixltx2e, metalogo, xunicode e fontspec. Per font spec ti ho già detto; xunicode viene caricato direttamante da xelatex. metalogo ti pu`ø servire se davvero uso loghi strani, ma allora tanto vale che tu te lo carichi dal sola in modo esplicito; fixltx2e serve per correggere alcuni errori nella composizione a due colonne e qualche altro erroretto; se non componi a due colonne, direi che fixltx2e si superfluo. Ne segue che xltxtra resta utile solo per disporre del comando \texxtsubscript (visto che \textsuperscrit è già definito nel nucleo di LaTeX). Il comando \showhyphens con Xelatex, comunque non funziona o non funziona sempre. Mi pare proprio poco. Ma forse tu lo usi per altri tuoi scopi che io non posso conoscere.
Non so quanti errori puoi togliere con queste indicazioni, ma certamante ne togli moltissimi; è possibile che te ne restino ancora moltissimi altri, ma il file .log sarà certamente più corto.