@cfiandra, pdflatex e fontenc sono incompatibili di nascita, e se ci provi tu a compilare quell’esempio lo vedi. La ragione è semplice: pdflatex e tutti i programmi che si basano sui motori tex, etex, pedftex sono solo 8-bit aware, mentre solo quelli basati su xetex e luatex, e altri meno comuni, sono unicodeaware.
Invece per quel che riguarda babel e polyglossia, xelatex accetta anche babel oltre a polyglossia, mentre pdflatex accetta solo babel.
Quelo strano \ifXeTeX usato dal nostro @gero27 ha un senso, ma non mette in opposizione le cose per l’uno o l’altro programma di compilazione in modo corrette; nell rame treu deve mettere fontenc, magari qualche impostazione epr i font opentype, e, volendo, polyglossia con l’impostazione er le lingue che vuole usare; nel ramo false deve mettere inputenc, fontenc con qualche opzione per font a 8 bit, e babel con le opzioni per le lingue che vuole usare.
Si dice che sia opportuno usare babel preferibile rispetto a polyglossia, quando l’altrnativa esiste; personalmente ritengo che polyglossia offra qualcosa di più con il suo sistema di specificare le lingue, ognuna con le sue opzioni; sempre personalmente mi rammarico che polyglossia non sia usabile con pdflates o che babel non disponga dello stesso odo per specificare le lingue; recentemente babel è stato molto esteso, a se devi usare una lingua con diverse configurazioni e metodi di sillabazione, babel richided artifizi notevoli per creare gli attributi o i modificatori in modo corretto. Ma questo è OT rispetto al problea di @gero27.