1) La distanza del numero della pagina dal fondo della griglia del testo è sempre stato di una riga, da circa 20 anni. `Ogni volta che introduco una modifica, non modifico mai quella distanza, perché secondo me va bene e perché è la distanza che abbiamo concordato a suo tempo con la segreteria, ma non ce l’ha prescritto il medico; quindi se un certo numero di persone me lo chiede, sono disposto e mettere una distanza di due righe, ma on al centro del argine inferiore.
2)Dipende da quali impostazioni hai dato; a me risulta che specificando sia oeside sia twoside, i margini siano uguali, a meno che tu non abbia specificato una correzione per la rilegatura di parecchi millimetri e tu abbia specificato oneside; se è così, tooptesi si comporta come prescritto, se non ti vanno bene i margini diversi, non specificare nessuna correzione per la cucitura e psecifica twoside.
3) hai fatto male a specificare font=small con \captionsetup, perché toptesi ha il suo modo di specificare iil corpo e la forma delle didascalie, modo che non è modificabile con il pacchetto captions.
4) per il copia e incolla ti è già stato risposto; toptesi non scrive in greco, a meno che tu non lo specifichi con le impostazioni della lingua, ma in ogni caso il pi greco matematico è diverso dal pi greco testuale e se vuoi i pi greci in atematica devi usare gli speciali comandi per i simboli greci matematici; lo stesso vale per gli altri simboli greci. Se invece vuoi scrivere qualcosa in greco, e se usi xelatex (utile solo se fai una tesi di tipo umanistico, non certo una tesi in matematica o in ingegneria o in qualunque altra scienza sperimentale), devi specificare non solo qualcosa come \setotherlanguage[variant=…]{greek} (specificando al posto dei puntini una delle parole chiave autorizzate, vale a dire “mono”, oppure “poly” oppure “ancient”), ma devi specificare un font OpenType che contenga i caratteri greci, che non è il font Latin Modern OpenType che xelatex userebbe di default. Perciò non usare xelatex pepr comporre una tesi in una scienza sperimentale, se vuoi scrivere qualcosa in greco, leggi su L’Arte di scrivere con LaTeX come si fa; in particolare ricordati di scegliere la codifica utf8 sia per scrivere con l’alfabeto latino e poi lascia fare a babel-greek la composizione in greco.
Mi pare di ricordare di avere scritto qualcosa in merito nel documento toptesi-doc-xelatex.pdf. In ogni caso scrivere in greco con pdflatex o con xelatex non è una cosa da fare quando si è ancora alle prime armi con LaTeX. Meno che mai facendo del copia e incolla.