A me componendo su foglio b5paper, il numero di pagina viene alla stessa distanza che componendo con a4papper. Se hai modificato i margini può darsi che lo spazio sia minore, nel senso che la griglia del testo non si accorda più con i margini; toptesi, come tutti i file specifici per un certo compito non è facilmente personalizzabile, se non mettendo le mandi dentro il codice oppure usando pacchetti speciali paer applicare patch a comandi esistenti; ma per usarli bisogna conoscere i comandi esistenti, quindi comunque bisogna leggere e cpaire il codice.
Per usare la codifica UTF-8 bisogna specificare l’opzione utf8, Noti la differenza rispetto a quello che hai usato tu utf-8? non si tratta solo di scriverlo con le lettere minuscole, ma anche di non mettere il trattino.
Dici di aver letto al documentazione di toptesi, cioè il file toptesi-doc-xelatex.pdf. Non hai letto bene: le linge italiana e quella inglese sono precaricate, quindi non ti serve a niente rispecificarle fra le opzioni della classe; devi specificare fra le opzioni della classo solo lingue diverse dall’italiano e dall’inglese.
D’altra aarte avresti anche notato che di default e didascalie create da toptesi sono scritte in corpo small, non in normalse; confronta la didascalia di qualunque figura o qualunque tabella con il corpo del testo circostante.
Le lettere greche che si usano in matematica sono diverse da quelle di un normale font greco, tanto quando le lettere corsive latine in matematica sono diverse da quelle corsive per il testo.
Se non ti piace come toptesi compone la tua tesi, e/o se non riesci a realizzare le specifiche che ti impone la segreteria, prendi la classe book e usa i pacchetti che vuoi, da caption a geometri, da fancyhdr, agli altri pacchetti che sono suggeriti nell’Arte, per fare quello che ritieni meglio. toptesi, come le altre classi per comporre documenti specifici, come le tesi, sono rigidi perché sono stati tutti creati avendo delle specifiche particolari da soddisfare. Non mi offendi se usi un’altra classe o se segui il consiglio di usare book con le personalizzazioni che credi più opportune. per il frontespizio puoi sempre usare il pacchetto frontespizio, che serve solo per questo scopo e può essere usato con qualunque classe; volendo, se ti piace, al posto di frontespizio puoi usater il pacchetto topfront che è quello che crea il frontespizio di toptesi, come è speigato nella documentazioni toptesi-doc-xelatex.