Per la prima domanda non ti so rispondere, perché non uso mai le citazioni in nota e le trovo quanto di più fastidioso si possa inventare; d’altra parte sono al corrente che in molte discipline non si concepisce nessun altro metodo di citazione, quindi so di essere, come minimo, molto parziale.
Per la seconda domanda basta che tu specifichi per la classe, fra le sue opzioni, twoside e che metti \cleadoubleage prima di ogni nuova sezione; sarebbe stato meglio che avessi usato la classe book; se la cosa ti pare fattibile (come tempi, non come risultato) dovresti cambiare ogni \section in \chapter, ogni \subsection in \section e così via. Con le impostazioni predefinite la classe book fa quello che chiedi. Probabilmente ti si sistema anche la questione dei riferimenti in nota; non ne sono sicuro, ma tentar non nuoce.
per evitare di rovinare quanto hai già fatto, copia tutto quello che hai fatto in una nuova cartella e modifica i file in questa nuova copia. La vecchia ti resta sempre a disposizione, se combinassi pasticci, ha sempre la vecchia copia recuperabile.