Alessandro, io non userei mai, nemmeno se mi pagassero a peso d’oro, i pulsanti per la creazione rapida dei file finali dei documenti composti. Sarà una mia mania, ma cerco di spiegarti il eprché.
Quando clicchi uno di quei pulsanti o selezione una di quelle voci di menù per la compilazione rapida, non sai esattamente quello che succede dietro le quinte. e quindi non hai più il controllo della situazione; Le tre compilazioni con latex, se non ci metti in mezzo una esecuzione del programma bibtex (o biber, se usi il pacchetto biblatex) non serve epr creare la bibliografia. Può essere che il pulsante di TeXmaker per creare il file pdf finale si occupi anche di lanciare il compositore della bibliografia, e magari si occupi anche di trasformare un eventuale file in formato DVI nel formato finale PDF, ma non lo sai perché non hai idea di che cosa succede dietro le quinde. Non ce l’ho nemmeno io, perché pur avendo molti editor caricati nel mio Mac, non ha TeXmaker (preferisco TeXstudio che è molto simile ma differisce da TeXmaker proprio in questo genere di cose).
Ecco perché io preferisco eseguire le quattro esecuzioni di programmi indicati da Ivan a mano. Infatti comporre una qualunque documento, per esempio la tesi, significa comporre un mucchio di volte per vedere di non aver commesso errori e se quella famosa formula è venuta fuori corretta, o se quella “dannata” tabella non abbia bisogno di un po’ di manipolazioni per farla stare nella pagina, o per sia necessario ruotarle, eccetera. Così lancio pdflatex molto spesso; non perdo tempo con la bibliografia ogni volta che lancio pdlatex. Inoltre non uso mai latex, perché il formato dvi non mi serve ami e non riesco, oggi, a trovare nesun buon motivo perché altri producano un file dvi. Ci sono molti modi per avitare il problema anche quando si usino i pacchetti come PSTricks che producono codice postscritp da eseguirsi in un secondo tempo con altri programmi.
Dunque, lancio bittex o biber una volta ogni, diciamo 20 volte che esegui pdftlatex.
Veniamo ora al tuo problema; generando direttamente il file PFG con l’apposito bottone che fa tutto dietro le quinte, ti vien la bibliografia man non ti viene l’indice.
Se fai a mno (tramite i bottoni di Texmaker, ma scegliendo bottoni o voci di menù che facciano una sola cosa, non tutta la sequenza) succede questo:
1) prima esecuzione di pdflatex; il programma compone tutto il documento e scrive nel file aux tutte le richieste di citazione bibliografica mediante le chiavi che hai specificato; scrive anche el voci nel file toc per generare l’indice. Ma in questa prima esecuzione non si genera né l’indice, né la bibliografia.
2) esecuzione di bibtex od i biber: il programma legge il file aux generato prima ed è in grado di estrarre dal data base bibliografico solo quelle entries di cui si chiede la citazione; il database bibliografico potrebbe servire per moltissimi documenti e contenere centinaia o migliaia di record bibliografici, ma per la tua tesi te ne servono solo una ventina, quelli che tu citi usando i vari comandi \cite e affini. Il programma produce il file bbl che contiene già impostata con i comandi LaTeX la bibliografia da comporre.
3) seconda esecuzione di pdflatex: il programma legge il file toc e produce l’indice; il programma legge il file bbl e compone la bibliografia, ma scrive anche nel file aux le chiavi dei riferimenti citati e composti, corredate delle indicazioni necessarie per la composizione dei riferimenti. La bibliografia è composta, ma i riferimenti nel testo non sono ancora risolti: essi appaiono ancora come punti interrogativi, o con le stringhe delle chiavi.
4) terza esecuzione di pdflatex; se nella passata esecuzione il programma che lavora dietro le quinte non ha cancellato i file ausiliari già usati, il file toc è ancora lì, e viene composto l’indice. Lavorando a mano non c’è pericolo di cancellare i file ausiliari, perché bisognerebbe farlo a mano, quindi l’utente che lo facesse dovrebbe biasimare solo se stesso. viene letto il file aux, quindi pdflatex sa che cosa scrivere per ogni citazione. Il file bbl è ancora lì, quindi la bibliografia viene ricomposta.
5) quarta esecuzione di pdflatex: di solito non è necessaria un’altra esecuzione di pdflatex, ma non è male eseguirla ancora una volta; la cosa è fatta automaticamente se si continua a mettere testo nel documento o se si eseguono delle correzioni, quindi questa quarta compilazione non viene quasi mai citata. Ma anche se fosse la compilazione finale, quella da mandare in copisteria per stampare e rilegare la tesi, conviene comunque farla. serve per essere sicuri che tutti i collegamenti interni, i riferimenti incrociati, siano tutti risolti correttamente e siano assolutamente corretti. Può succedere infatti che i salti pagina della terza compilazione non corrispondano a quelli della seconda, per cui qualche riferimento potrebbe aver cambiato pagina.
Sapendo tutto questo sai eprché bisogna fare tutte quelle compilazioni e a che cosa servono; hai anche la risposta al tuo quesito; è possibile che siano stati cancellati i file ausiliari già usati una volta. Ma, come ho detto, questo non può succedere se si eseguono tramite lo shell editor le singole operazioni a mano.