Se stampi su carta A4 non dovresti avere bisogno di rifilare niente, al massimo un paio di millimetri, e già questa misura di rifilatura mi per tanto.
D’altra parte hai scelto una classe che non consente modifiche, quindi o dici al legatore di rifilare di meno, oppure tieni quello che hai e ti accontenti.
Se invece cambi classe, e ne usi una configurabile come memoir, oppure componi su cara B% se devi avere un formato finale decisamente più piccolo (170mm per 240mm una volta rifilato — il formato B5 è in realtà di 176mm per 250mm.) allora il tuo legatore non dovrebbe avere nessun problema con la rifilatura.
In realtà cambiare classe non vuol dire riscrivere tutto quanto da coapo, ma bast cambiare nome della classe nella riga \documentclass, e poi si tratta di commentare la riga che invoca il pacchetto ClassicThesis. Anche la classe scrbook, da sola, senza ClassicThesis, va benissimo, ed è facilmente configurabile nel senso di muovere il numero di pagina nello stile plain un po’ più in alto. leggi la documentazione aprendo un terminale, scrivici dentro texdoc scrbook e ti si apre la documentazione di tutte la classi della collezione Koma Script di cui scrbook fa parte.