Per cambiare classe ti basta scrivere [tt]book[/tt] al posto di [tt]report[/tt].
Ma rileggi l’elenco dei pacchetti che richiami: booktabs e subfig sono chiamate due volte.
I comando \chareelev e quelli che ne derivano per il metri quadrati e i metri cubi sono molto più correttamente gestibili con il pacchetto siunitx, che hai richiamato, ma apparentemente non hai usato; leggine la documentazione con il comando da terminale texdoc siunutx
Se vuoi continuare ad avere \epsilon e \varepsilon, così come \phi e \varphi, puoi scambiarli usando questo comando`\newcommand\swapvar[2]{%
\let\pippo\#1 \let#1#2 \let#2\pippo \let\pippo\undefined}`usandolo così:`\swapvar\epsilon\varepsilon
…
\swapvar\phi\varphi`La cosa è più pulita che non una ridefinizione gloale; inoltre continui a disporre degli stessi simboli, casomai ti fosse necessario usarli entrambi, ma il loro effetti sono scambiati.
Ho il sospetto che ti converrebbe richiamare microtype quando hai finito di caricare tutti i font che usi, in pratica come ultimo.
Vedo che avevi impostato epr la codifica d’entrata la codifica utf8; poi hai commentato la rga è hai messo un altro richiamo con la codifica latin1. per scrivere in italiano non ci sono problemi, ma oggigiorno bisognerebbe sempre impostare solo la codifica utf8. Ora che hai già scritto aprte della tesi con la codifica latin1, continua così, ma in futuro usa al codifica utf8. Naturalmente epr farlo bisogna che il tuo editor sia in grado di salvare in file che crei o che modifichi con la codifica utf8; gli shell editor per latex che si usano oggi nelle loro forme aggiornate, sono tutti in grado di salvare con quella codifica, ma talvolta bisogna impostarli affinché lo facciano.
Quello che ti manca nel preambolo è la scelta di un font adeguato; ti consiglio di inserire prima della chiamata a inputenc la riga seguente:`\usepackage[lmodern}` che ti permette di usare i font Latin Modern codificati T1, e particolarmente adatti per far funzionare al meglio microtype.