Se non hai riferimenti incrociati, citazioni e indici da comporre, puoi mettere ‘nofiles nel preambolo.
Ma il concetto non è quello. Il file .aux deve funzionare; se non funziona c’è qualcosa che non va nel file a cui quel file è legato; può essere il mani file o uno dei file inclusi.
Non escludo nemmeno un errore del sistema operativo che potrebbe avere problemi a scrivere file testuali con righe/record più lunghi di un tot preciso, ma ne dubito moltissimo.
Sarebbe utile sapere quali siano
1) il tuo sistema operativo, tipo, versione, ultimo serve pack, e simili
2) la tua installazione del sistema TeX: TeXLive?, MiKTeX?, altro? quale versione, quando l’ultimo aggiornamento
3) quale editor stai usando texmaker? texstudio?, texworks?, winedt? texshop? altro? quale versione.
4) con che programma stai componendo; sembrerebbe pdflatex, ma confermalo.