Non so di che dati si tratti, ma 10 000 dati sono un numero spropositato da riportare su un grafico; fatti il conto sulle dita assumendo che lo spazio fra due punti successivi sia costante. Vedrai che si tratta di micrometri, cioè non vale assolutamente la pena riportarli tutti, pena un enorme tempo di compilazione e forse la saturazione della memoria di lavoro del sistema TeX.
Il fato che tu li abbia in Excel ti permette di costruire un grafico in formato pdf, dove i punti sovrapposti, il più piccoli possibile, rimangano sovrapposti; l’immagine che ottieni è decente; se vuoi non mettere graduazioni numeriche, ma solo i trattini, e non mettere nomi o legende agli assi; li sovrapponi poi con la grafica interna di LaTeX, ma almeno non saturi la memoria. Io ho fatto diagrammi di dispersione (li fa anche pgfplots, ma il tempo macchina è esorbitante) con circa 30 000 punti; la nuvola di puntini appare come una macchia, ma non è una macchia informa e quindi lo scopo del grafico viene raggiunto perché si osserva bene al struttura della macchia. Un diagramma cartesiano sarebbe illeggibile.