Innanzi tutto thesis non è una classe sulla quale i soci e i frequenatori del GuIT hanno poco da dire, visto che non è piuma delle nostre piuma; Qui sul sito abbiamo parlato di saptesi, suftesi, toptesi, classicthesis, tesimoderna, tesiclassic; tutte scritte da gente che frequenta questo sito.
D’altra parte non vedo perché thesis dovrebbe fare eccezione rispetto al comportamanto delle altre classi.
Quello che invece non vedo nel codice che presenti lo staement \begin{document, e nemmeno \end{document}; qualunque cosa contengano i file die capitoli, quegli statemente sono essenziali.
Quindi finché non metti il tuo file sorgente in una fomra LaTeX compatibile non ottieni nulla di buono.
Nasconder gli statement \begin{cocument} e \end{document} dentro i file inclusi con \input forse funaziona ma è una pessima idea; ti è già stato mostrato un esempio minimo compatibile che funzione; ti è già stato detto che usare \input non c’entra niente con i riferimenti a contenuti di altri capitoli o appendici; ti è già stato detto che puoi eseguire la compilazione selettiva di alcuni e on tutti i capitolo usando al tecnica di \includeonly e \include, come è descritti nell’arte di scrivere con LaTeX; hai controllato quel testo? hai capito quale sia lo scopo della compilazione selettiva? eseguito con \input oppure ‘include? hai capito che il file principale lavora bene con entrambi i metodi quando includi tutti i file, ma lavora bene con la compliazione selettiva di alcuni file solo se usi al tecnica di \incudeonly e \include?
Se non l’hai cpaito ma vuoi fare ugualmente la compilazione selettiva, rileggi l’Arte; ti potrei dire di documentarti anche su altre guide, ma comincia con l’Arte.