Va bene; il primo era con i titoli degli esempi in nero chiaro su bianco e non piaceva nememno a te. D’altra parte se volevi farlo con la matematica in nero, sai bene che devi dichiarare \boldmath prima di entrare in modo matematico. Poi forse ci vuole qualche protect o \texorpdfstring per evitare che il comando si rompa o i collegamenti ipertestuali non funzionino, ma il concetto sarebbe quello.
Gli altri due, tenuto conto dell’ “uditorio” possono andare; belli non sono, ma per delle dispense per gli allievi i colori sono essenziali. Potresti provare con altri colori, ma i colori non sono il mio forte.
Viceversa, ho notato che ancora i margini sono asimmetrici e si scambiano fra le pagine pari e quelle dispari. Cerca di renderle davvero simmetriche; a lettura a schermo ne trarrebbe un grosso giovamento.