Mmmmm….
Come ti compila se usi questa bibliografia:`\begin{thebibliography}{100}
\bibitem{Cparara1997} Caprara, A. 1997. Sorting by reversals is difficult. In: {\em
Proceedings of the First Annual International Conference on Computational
Molecular Biology (RECOMB 97),} New York: ACM. pp. 75-83.\\[-20pt] %quadratino vuoto
\bibitem {McLysaght2000} McLysaght, A., Seoighe, C. and Wolfe, K.~H. 2000. High frequency
of inversions during eukaryote gene order evolution. In Sankoff, D. and
Nadeau, J.~H., editors, {\em Comparative Genomics}, Dordrecht, NL: Kluwer
Academic Press. pp. 47–58.\\[-20pt]. %quadratino vuoto
\bibitem{Reinelt1991} Reinelt, G. 1991. {\em The Traveling Salesman – Computational
Solutions for TSP Applications.} Berlin: Springer Verlag.\\[-20pt] %quadratino vuoto
\bibitem{cookbook} Peter J. Ashenden. \emph{The VHDL cookbook}, First Edition. Dept. Computer Science, University of Adelaide, South Australia. 1990. \\[-20pt] % [ cookbook ]
\end{thebibliography}`
Se ti continua a presentare i quadratini e quella stana sigla vicino alla quarta voce della bibliografia, ho il sospetto che tu abbia caricato uno di quei pacchetti che ti mostrano nel margine le etichette usate; comunque prova con la bibliografia che ti ho modificato.