Non è che tu abbia fatto, è che nel tuo structure.sty il \bull e definito così:`\newcommand*\bull{\ \ \raisebox{-0.365em}[-1em][-1em]{\fontsize{40}{48}\selectfont{$\cdot$}} \ } % Custom bullet point for separating content`
Quindi hai un abbassamento del segno, ma hai anche due impostazioni strane, che asssegnano al bullet una profondità negativa e ul altezza negativa. inoltre il bullet è scalato in corpo 40pt.Come ti dicevo hai (nel senso che pssiedi) un bullet ottenuto scalando di 4 volte il punto centrato.
Prova semplicemente con `\nrewcommand\bull{\space\textbullet\space}` e vedi cosa succede. Per accedere a \textbullet devi avere caricato il pacchetto textcomp; se usi i newpxfonts non occorre, ma se usi i Latin Modern o i computer modern di default, ci vuole.
Se il pallino ti sembra troppo piccolo, puoi giocarci meglio con il comando \scalebox, invece di caricare il font a 40pt, ma devi essere sicuro che hai caricato il pacchetto graphicx (che non è caricato nel nel main file né nello structure.sty, e usare una cosa del genere`\newcommand\bull{\space\raisebox{-0.75ex}{\scalebox{2}{\textbullet}}\space}`Aggiusta il valore del fattore di scala e il valore 0.75 a tuo piacimento, ma così con i newpxfonts va bene.
Va da se che questi comandi sostituiscono, non si aggiungono, a quelli che si trovano nel file structure.sty.