Che programma usi per cercare e copiare il testo?
La stringa Corpo del testo contiene solo caratteri ASCII, mentre gli altri segni sono rappresentati con due byte, tranne alcune lettere come la r di Corpo e st di testo.
Sia la codifica utf8 (UTF-8 – Unicode Transfer Format eseguita con sequenze di byte di 8 bit), sia la codifica T1 contengono solo caratteri ASCII a 7 bit nei primi 128 caratteri della codifica (nella codifica T1, i caratteri con indirizzi da 0 a 31 e il carattere con indirizzo 127 sono carattri di servizio per TeX, ma non compiono mai nel file di uscita, tranne il “fine riga”).
Quindi ho il sospetto che Kile e Okular non c’entrino per niente; posso sbagliarmi, ma sebbene io usi Okular abbastanza raramente, perché uso pochissimo Ubuntu, a me non è mai successa una cosa del genere.
Fossi in te, io non userei i carattri CM con codifica T1 (si tratta dei CM-super), ma userei i Latin Modern. I CM-super sono font vettoriali che contengono anche il cirillico, ma non soddisfano la codifica UNICODE, e usano per lavora con TeX dei file virtuali particolari che indirizzano glifi che si trovano sparsi nella codifica dei CM-super. Può darsi che quello sia il motivo per il quale ti appaiono quei caratteri strani. Prova chiamando il pacchetto lmodern, invece di usare i CM-super di default.