Se apri un terminale e scrivi [tt]kpsewhich –all epstopdf[/tt] che risposta ricevi?
Noto inoltre che nelle preferenze hai aggiunto -shell-escape a latex e non l’hai aggiunto a pdflatex. In questo caso non dovrebbe esserci differenza, nel senso che latex una un “unrestricted \write18 enabled” mentre con pdflatex nel log hai “restricted \write18 enabled”.
La differenza fra i due è che l’unrestricted ti permette di eseguire da dentro latex anche programmi esterni che potrebbero anche essere malware, mentre con il restricted puoi eseguire da dentro pdflatex solo un ristretta lista di programmi che sono elencati in texmf.cfg.
Siccome epstopdf rientra fra questi programmi autorizzati, continuo ad essere stupito di quello che ti succede.
Il fatto che la shell ti dica che non trova epstopdf lascia intendere che non trova questo programma in [tt]/user/local/texlive/2014/bin/x86_64-linux/[/tt]
La prova con kpsewhich dovrebbe confermarti che non lo trova. Il tuo navigator, invece, te lo mostra? se ti sposti in quella cartelal e dai il comando ls -l epstopdf ti mostra anche i modi d’uso; fra questi c’è anche la x sia per il proprietario e il gruppo, magari non per il resto dell’universo mondo? Se c’è il file ma non è eseguibile, suppongo che tu sappia usare chmod per abilitarlo, ma dubito che sia necessario.