Re: minipage con immagini affiancate e singole didascalie

\captionsetup, come dice il nome serve per impostare lo stile di composizione dellla diascalia, ma non compone la didasclaia; chi la compone e mette la dicitura Figure 3.2 è il comando \caption. Aggiungilo e vedrai che tutto funziona,
D’altra parte \captionsetup non andrebbe specificato per ogni didascalia, am solo dopo ave caricato il pacchetto caption, perché sarebbe ridicolo comporre le didascalia con stili diversi con le didascalie diverse l’una dall’altra.