Ho messo le mani sul tuo codice; in futuro non ti limitare a presentare il codice che non funziona, ma costruisci un esempio minimo compilabile.
L’esempio che ti mando funziona come previsto, ma al posto di logouno e logodue mettici i nomi dei file di due tue figure; possibilmente non mettere l’estensione e se puoi non unsare figure in formato eps; se el vuoi vettoriali usa il formato pdf; in ogni caso pdflatex te le trasforma in formato pdf.
`\documentclass{article}
\usepackage{caption}
\usepackage{graphicx}
\newenvironment{myminipage}[1]{\minipage{#1}
\captionsetup{width=\textwidth, name=Fig., labelfont={it,bf}}
}{\endminipage}
\begin{document}
\begin{figure}[htpb]
\begin{myminipage}{0.40\textwidth}
\includegraphics[width=\textwidth]{logouno}
\caption[Prima figura]{Prima figura}\label{fig:1}
\end{myminipage}
\hspace{0.2\textwidth}
\begin{myminipage}{0.40\textwidth}
\includegraphics[width=\textwidth]{logodue}
\caption[Seconda figura]{Seconda figura}\label{fig:2}
\end{myminipage}
\end{figure}
\end{document}`
Nota che il tuo codice con i vari \minipage e \endminipage messi a casaccio non poteva funzionare. Non definire mai un nuovo environment dentro un altro ambiente, per giunta flottante, ma definisci il nuovo ambiente nel preambolo.