Non si tratta di Error, ma di Warning; la microtipografia funziona anche con l’espansione solo con font vettoriali, solo con pdflatex e lualatex, solo con font che sono configurati per essere trattati dal pacchetto microtype; evidentemente i tuo Garamond non lo sono; forse nemmeno i tuoi Times.
Per saperne di più devi leggere la documentazione di microtype; apri un terminale, ci scrivi dentro il comando texdoc mictrotype, premi il tasto invio e leggi.
Chiunque potrebbe in teoria scrivere i file di configurazione per qualunque font, ma non è tanto facile perché è molto facile dimenticare alcune cose o commettere errori. Io non l’ho mai fatto e, onestamente, la cosa non mi attira. Fossi in te NON caricherei il pacchetto microtype, se sei costretto a usare i Garamond, come mi pare di aver capito da altri messaggi, e vivrei tranquillo; oppure lascerei il pacchetto ma ignorerei i warning.