Se hai una installazione Debian di TeXLive non puoi usare tlmgr; se hi una installazione di TeXLive da CTAN non vedo motivi per i quali non dovresti pter aggiornare tlmgr; In particolare `sudo tlmgr update –self`è il metodo consigliato per aggiornare i manager.
L’interprete Perl che hai su Ubuntu non dovrebbe avere nulla a che vedere con l’installazione o l’aggiornamento di tlmgr, nel senso che è già caricato come parte integrante di Ubuntu; tlmgr è scritto in Pel quindi ha bisogno dell’interprete Perl; Quando si installa per la prima volta TeXLive su una macchina Windows vien installata anche un version ridotta di Perl, perché Windows non ne dispone di default. Ma siccume sei su Ubuntu, quel che succede su Windows non ti interessa.
Il mirror di GARR è il migliore in Italia; se vuoi puoi chiedere a tlmgr di mostrati l’elenco dei mirror dal quale puoi scegliere quello che vuoi; e seconda di dove vivi in Itlai, potrebbe essere una buona cosa scegliere un mirror francese o svizzero o austriaco. Fino a poco tempo fa ne usavo uno olandese, ma con l’ultimo portatile che ho configurato ho lasciato che prendesse GARR di default e trovo che vada benissimo.