Per quanto riguarda se scegliere pdf o eps, dipende decisamente da che cosa devi fare con il documento. Come gia’ e’ stato scritto su altri topics, ad esempio, non si puo’ usare pstricks con i pdf, ne’ psfrag. Comunque, se nel tuo documento dovranno comparire essenzialmente grafici in R, ti consiglierei di usare il pdf.
Tieni presente che, come soluzione estrema, puoi modificare la porzione di grafico che e’ inclusa nel documento tramite le opzioni del comando \includegraphics.
`\includegraphics[clip=true, viewport= x0 y0 x1 y1]{immagine}`
L’opzione viewport, usata quando l’opzione clip ha il valore “true”, specifica le coordinate della porzione di grafico da includere: sostituisci a x0 e y0 le coordinate dell’angolo in basso a sinistra e x1 y1 dell’angolo in alto a destra del riquadro che vuoi ottenere.
Spero di essere stato chiaro, di non aver detto baggianate e mi scuso per gli accenti: sono su una tastiera inglese sulla quale non riesco ad impostare la mappatura italiana.
Ciao
Daniele