Latex e R

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  • #15521
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    Eccomi di nuovo,

    ho da poco iniziato ad usare R come programma di statistica (analisi statistica di microarray) e da qualche parte (non mi ricordo dove!) ho letto che c’é una “buona compatibilitá” tra Latex e R. Ignoro in che senso questo venga inteso, comunque: sapete se c’é una guida, da qualche parte, che spiega come integrare con profitto questi due programmi?

    Domanda immediatamente conseguente: inserire in un documento latex grafici esportati da R. Quale é il formato piú conveniente? I vari bitmap li ho esclusi, tra i vettoriali posso esportare in .pdf, ma avere un grafico in una pagina intera é scomodo talvolta. Ho letto qui (http://www.guit.sssup.it/latex/figure.php) che probabilmente .ps o .eps andrebbero benone (non ho capito la differenza tra i due). R permette di esportare in questi formati? Ce ne sono altri?

    Grazie di tutto
    Paolo

    PS. Mi autoesonero da eventuali critiche per “omissione di ricerca nel forum” perché quel malandrino di R é una brutta bestia da “cercare” in rete: avessero scelto un nome meno ubiquitario!

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    • #15522
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      Premetto che non conosco R, e che giusto ora ho cercato sito sul sito del software la sua Guida di base. Se non sai dove trovarla, cerca in

      http://www.r-project.org/

      sotto il link “Manuals”. La guida di cui sto parlando è “An introduction to R”. La sezione 12.6 sembrerebbe indicare che si può esportare in .ps e .pdf, e questo credo che basti a dire che “c’è una buona compatibilità tra R e LaTeX”.

      Detto questo, la tua seconda domanda non ti esonera più di tanto. Nella seguente pagina (Guit è molto di più di un forum! Leggete anche la home page…)

      http://www.guit.sssup.it/latex/figure.php

      troverai tutto sulle figure: tra queste informazioni, che ti invito a leggere, trovi la differenza tra un .ps ed un .eps, e come esportare dall’uno all’altro. Ti consiglio questo formato per iniziare, soprattutto se R salva la figura in .pdf su una pagina intera. Nella stessa pagina web, visto che tu non ci hai detto sotto che sistemi operativi usi, trovi una procedura semplicissima per trasformare un .ps in un .eps sotto Windows. Se sei sotto Linux, la procedura è ancora più semplice, e ti invito a cercarla sul forum.

      Ciao

      Daniele

    • #15523
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      Grazie della risposta,

      Purtroppo mi sono giá sorbito “An introduction to R”, mi ero perso il passaggio “.ps”, e ti ringrazio di avermelo indicato.
      Spero peró che ci siano altre features interessanti che colleghino R a Latex.

      Per quanto riguarda la seconda domanda, mi sento ancora un pochino esonerato perché anche nel mio primo post avevo linkato la pagina che hai indicato tu; specificando che non avevo comunque capito la differenza. Prometto che la rileggo e sforzo i miei neuroni a capire cos’é un BoundingBox.

      Rimango curioso di sapere se c’é qualcosa di specifico riguardo a R+Latex.

      Grazie ancora,
      Paolo

    • #15524
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      Scusa se ho letto un po’ frettolosamente il tuo post. In ogni caso, nella pagina in questione sta scritto

      `La differenza tra i due formati è semplicemente in una riga di istruzioni nel file .ps che contiene le informazioni sul “perimetro” (il bounding box) della figura. Aprendo il file .eps con un editor di testo (WordPad o Emacs, ad esempio) tale riga è del tipo:

      %%BoundingBox: 20 11 591 781

      dove i numeri in sequenza si riferiscono alle ascisse e alle ordinate del vertice in basso a sinistra ed in alto a destra del bounding box (da ora in poi BB).`

      Fammi sapere se hai difficoltà a capire qualcosa in questo passaggio. Comunque, dal punto di vista dell’utente, conoscere questa differenza può non essere necessario all’atto pratico.

      Ti consiglio di esportare da R in .ps come descritto dalla guida di R. Se sei sotto Windows apri con GsView e, da lì, è possibile esportare un .ps come .eps. Questo significa che quella riga aggiuntiva nel file .eps è calcolata e scritta automaticamente da GsView e tutto si fa a colpi di click. Se sei sotto linux puoi usare, in modo equivalente, il programma gv

      Nella stessa guida di R è specificato come ottenere un pdf. Perché dicevi che R ti dà pdf di una pagina intera? Se non hai ancora provato con le istruzioni della guida, fallo. Riuscendo ad ottenere un pdf decente da R, potresti usare la compilazione pdfLaTeX.

      Come ti ho detto non sono un esperto di R. Però queste funzionalità mi sembrano abbastanza per l’interfaccia con LaTeX.

      Ciao
      Daniele

    • #15525
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      Ottimo!
      In effetti sono riuscito ad ottenere un .eps nativo come output.
      Da quello che mi dici, peró, mi alletta molto di piú il formato .pdf.

      Ok, ti quoto questo dalla stessa pagina di Guit:

      Da ciò che si è detto segue che un modo corretto per inserire figure in .pdf è avere un figura .pdf con un formato identico alle dimensioni della figura stessa. Come raggiungere questo risultato? Esistono programmi commerciali che possono farlo (ad es., Adobe Acrobat) o alcuni software che consentono di ottenere un tale risultato (ad es., S-Plus ed R).

      “Da ciò che si è detto segue che un modo corretto per inserire figure in .pdf è avere un figura .pdf con un formato identico alle dimensioni della figura stessa.”

      Questa frase ha decisamente del sibillino… come fa un formato ad essere identico ad una dimensione? Sembra che quando capiró questo avró risolto.
      Ogni aiuto per questo indovinello é ben accetto, intanto io continuo a smanettare: il documento lo devo consegnare lunedí =).

      Saluti,
      Paolo

      Ulteriore quote che mi necessita di spiegazione:

      pdf è evoluzione di .ps, ma, come sovente accade, questa evoluzione ha comportato una minore flessibilitá. Questo significa che con il “primitivo” .(e)ps è possibile fare cose che con .pdf non sono consentite.[

      Si tratta di cose importanti, di cui potrei pentirmi? =)

      PS: Uso Ubuntu Feisty (7.04) con tetex (3.0) e R (2.5).

    • #15526
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      Se hai file eps, puoi ottenere i pdf in automatico con il programma eps2pdf.

    • #15527
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      “Da ciò che si è detto segue che un modo corretto per inserire figure in .pdf è avere un figura .pdf con un formato identico alle dimensioni della figura stessa.”

      Questa frase ha decisamente del sibillino… come fa un formato ad essere identico ad una dimensione? Sembra che quando capiró questo avró risolto.

      Hai provato ad esportare da R in pdf come ti avevo detto? Se sì, mi dici come viene fuori il grafico? Visualizzalo con gv: vedi una pagina A4 bianca con un grafico o vedi un pdf “ritagliato” intorno al grafico?

    • #15528
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      Grafico esportato da R in pdf.

      Visualizzandolo da gv é ritagliato giusto.
      Inserito in un documento latex: risultato perfetto. Unico problema sono i bordi un po’ eccessivi, che peró si possono modificare con mai=c(x,y,w,z) durante la creazione del pdf.

      Direi che sono soddisfatto =).

      Grazie mille dell’aiuto.
      Paolo

    • #15529
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      Per quanto riguarda se scegliere pdf o eps, dipende decisamente da che cosa devi fare con il documento. Come gia’ e’ stato scritto su altri topics, ad esempio, non si puo’ usare pstricks con i pdf, ne’ psfrag. Comunque, se nel tuo documento dovranno comparire essenzialmente grafici in R, ti consiglierei di usare il pdf.

      Tieni presente che, come soluzione estrema, puoi modificare la porzione di grafico che e’ inclusa nel documento tramite le opzioni del comando \includegraphics.

      `\includegraphics[clip=true, viewport= x0 y0 x1 y1]{immagine}`

      L’opzione viewport, usata quando l’opzione clip ha il valore “true”, specifica le coordinate della porzione di grafico da includere: sostituisci a x0 e y0 le coordinate dell’angolo in basso a sinistra e x1 y1 dell’angolo in alto a destra del riquadro che vuoi ottenere.

      Spero di essere stato chiaro, di non aver detto baggianate e mi scuso per gli accenti: sono su una tastiera inglese sulla quale non riesco ad impostare la mappatura italiana.

      Ciao

      Daniele

    • #15530
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      A quanto pare ho trovato quello che cercavo.

      Si chiama Sweave, ed é un pacchetto di R che permette di trasportare codice R in Latex. Ho dato appena un’occhiata, ma sembra promettente.

      Per chiunque fosse interessato, questo é un link ad un introduzione a questo pacchetto:
      http://www.ci.tuwien.ac.at/~leisch/Sweave/Sweave-dsc2003.pdf
      Spero possa tornare utile.

      Grazie ancora a tutti.
      Paolo

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