Nel tuo caso specifico (installare il plugin latex di gedit) puoi risolvere il problema semplicemente scaricando il plugin dal sito: http://live.gnome.org/Gedit/LaTeXPlugin (nelle istruzioni dice di copiare il contenuto dell’archivio in ~/.gnome2/gedit/plugins). Nel caso più generale mi piacerebbe che apt fosse più flessibile: una funzione che adorerei (a meno che non esista già e io non ne sappia nulla!) sarebbe la possibilità di segnare come installato un pacchetto che in realtà non è installato (perché per esempio compilato a parte, oppure nel tuo caso potrebbe trattarsi di texlive installato in altra maniera), in modo che comunque i pacchetti dipendenti possano comunque essere installati (mi rendo conto che nelle mani di un utente inesperto questa funzione potrebbe diventare causa di milioni di problemi, ma ora apt mi sembra troppo “rigido”).
Ma mi sa che ora sto andando abbondantemente off topic 🙂
P.S. quel plugin non mi entusiasma molto: lo usavo quando ancora utilizzavo gedit, ma presenta alcuni fastidiosi bug (per esempio ha problemi con documenti nel cui percorso assoluto ci sono lettere accentate (e forse anche spazi, non ricordo), cose relativamente frequente per noi italiani) che lo rendono un po’ scomodo. Da quando però ho scoperto emacs + auctex mi si è aperto un nuovo mondo (così ritorno anche in topic)! 😀