Re: sovrapposizione indice e centraggio capitoli

[…] vorrei sapere anche se c’è un modo per aggiungiere o togliere i puntini nell’indice,quelli che collegano il titolo alla pagina […]

Per questo, puoi consultare la guida del pacchetto tocloft. (Io mi fiderei di LaTeX e di chi ha scritto le classi; a tesi ultimata, c’è sempre tempo per questo tipo di modifiche, se necessarie.) Per definire lo stile dei titoli puoi usare il pacchetto titlesec.

Benvenuto.

Ciao
Antonio