sovrapposizione indice e centraggio capitoli

[…] vorrei sapere anche se c’è un modo per aggiungiere o togliere i puntini nell’indice,quelli che collegano il titolo alla pagina […]

Per questo, puoi consultare la guida del pacchetto tocloft. (Io mi fiderei di LaTeX e di chi ha scritto le classi; a tesi ultimata, c’è sempre tempo per questo tipo di modifiche, se necessarie.) Per definire lo stile dei titoli puoi usare il pacchetto titlesec.

Benvenuto.

Ciao
Antonio

ho scaricato titlesec, me non esiste un manuale specifico in italiano, non me la cavo benissimo con l’inglese, se qualcuno lo conosce mi farebbe un grosso favore

Non si capisce bene se vuoi solo “Capitolo N” centrato, oppure anche il titolo. Se vuoi anche il titolo centrato, puoi provare con:
`\usepackage{titlesec}
\titleformat{\chapter}[display]
{\filcenter\normalfont\huge\bfseries}{\chaptertitlename\ \thechapter}{20pt}{\Huge}`
Per il titolo allineato a sinistra e “Capitolo N” al centro:
`\usepackage{titlesec}
\titleformat{\chapter}[display]
{\normalfont\huge\bfseries}{\chaptertitlename\ \thechapter\filcenter}{20pt}{\Huge}`
Se invece vuoi che sia i titoli dei capitoli, sia i titoli delle sezioni di livello inferiore siano centrati, è sufficiente:
`\usepackage

{titlesec}`
Ciao
Antonio