La sua osservazione è legittima, gentile Enrico, ma confonde prospettiva sincronica e diacronica: storicamente, l’i lungo «j» nasce come variante di posizione di «i» nei manoscritti altomedievali, per necessità distintiva, in quanto l’«i» (in principio solo «ı»), assorbito dalle «gambe» di m o n, confondeva «mi» e «ni» rispettivamente in «nn» e in «m».
I cinquecentisti citati, Pietro Ramo e Gian Giorgio Trissino (umanista veneto nato sí nell’ultimo quarto del XV secolo, ma che dà alle stampe l’Ɛpistola de le lettere [sic] nuωvamente aggiunte solo nel 1524), si limitano invece a introdurre la specializzazione fonemica dei grafi, facendone dei grafemi. Cosí come «v» e «u», tradizionalmente varianti di posizione —rispettivamente in principio e in corpo di parola; e.g., «vltor» e «euentus»—, furono associati ai fonemi romanzi /w → v/ e /u/, anche «j» e «i» furono legati a /j/ [→ /Z/,¹ in francese] e /i/. Il Trissino —come noto— propose anche la discriminazione nell’ortografia italiana di /e/ ~ /E/ e di /o/ ~ /O/, importando le lettere greche «ε» e «ω», da reimpiegare per le vocali aperte (sennonché piú tardi preferirà l’accostamento /o/ – «ω», per maggior aderenza alla realtà fonetica greco-bizantina), e persino di /dz/ ~ /ts/, specializzando l’allora grafo «ç» —impiegato indifferentemente per sonora e non-sonora— e scartando invece la zeta lunga «ʒ» (anch’essa non ignota ai manoscritti).
In italiano l’i lungo «j» è stato impiegato fino al primo Novecento (in letteratura, come lei stesso ricorda), sicché di esso non possiamo ancora dire che giace impolverato su uno scaffale, al contrario ad esempio di quanto potremmo affermare sull’ancor piú vecchiotta «h» etimologica, tanto furiosamente difesa dall’Ariosto, che scomparve già nelle prime edizioni del dizionario della Crusca (rilegata a uso diacritico nelle forme del verbo avere e nelle interiezioni). C’è da notare che l’i lungo rispettava le norme ramiste e trissiniane solo quando descriveva il fonema italiano /j/ intervocalico (e.g., «jeri» e «beccajo»), dacché ciò che lei ha chiamato «j» finale (che starebbe per «-ii»; e.g., «varj») è in realtà il relitto —la contrazione— di un piú antico uso che prevedeva «-ij» («varij»), con «j» semplice variante di posizione. L’«i» con circonflesso «î» (e.g., «principî») non è ancora del tutto scomparso: si trova in case editrici e autori sparsi (sicuramente nella prestigiosa Einaudi fino al ’71), nonché nel Treccani quinquevolume.
Inutile dire che nelle lingue moderne europee «j» è andato specializzandosi diversamente, di norma a partire dalle congruenze etimologiche col latino, poi esteso a descrivere lo stesso fonema anche in parole di diversa radice linguistica, o anche un fonema simile (e.g., lat. volg. judicem /j/ → fr. ant. e mod. juge /Z/ → ingl. mod. judge /dZ/).
¹ Trascrizione SAMPA.