La versione beta è un superset della versione normale; quindi se carichi microtype nel tuo albero personale, questo avrà sempre la precedenza sugli altri alberi del sistema TeX, ma tu non ci perdi niente, perché se usi pdflatex usi la versione beta che fa tutto quello che serve; se usi xelatex, usi lo stesso la versione beta, che fa per xelatex quello che può, cioè solo la protrusione. Nota che impostando l’opzione giusta o una impostazione locale, anche con la versione normale si può escludere l’estensione dei font e conservare solo la protrusione; quindi con xelatex ai fini di microtype è come se stessi usando pdflatex con una chiamata a microtype senza espansione.
Io ho microtype beta installata da tempo, diversi mesi, e quando uso pdflatex non noto nessuna differenza rispetto a prima quando usavo microtype normale.
Se vuoi maggiori dettagli per sapere in che cosa differiscono la versione normale e la versione beta, te li potrei dare, ma sono veramente molto tecnici.
Ciao
Claudio