Il caso 3 esiste, forse non per un laureando, ma per del lavoro cooperativo.
Tu scrivi il main file e con \input o \include leggi e compili i file scritti da te stesso, tizio e Caio; vi siete messi d’accordo in anticpo di usare tutti e tre utf-8; poi Caio, trovanosi fuori sede e dovendo usare un altro PC dotato del sistema TeX, scrive un file con l’editor di quel PC e si scorda che deve essere impostato utf-8; comunque si impostato Caio scrive il suo file e te lo manda.
Il file è LaTeX, ma non è il main file, nzi contiene solo le \section 2 e 3 che devono venire o copiate e incollate, o semplicemente richiamate con \input da un altro file, che a sua volta viene introdotto nel main file da altri comandi i \input o \include.
Risultato quando lo apri non c’è il preambolo e non c’è scritto niente con le righe magiche; quindi il file è LaTeX ma non sai con quale codifica si stato scritto.
Questa disavventura potrebbe capitare anche a un laureando che scriva i suoi capitoli o le sue sezioni su PC diversi e diversamente configurati, e si trasporta i lavori parziali con una chiavetta; d’accordo, dopo la prima disavventura, si ricorderà di impostare i vari editor nel modo giusto, ma se è alle prime armi potrebbe non capire che il fatto dipende da una sua personale dimenticanza.
Tra l’altro sto scrivendo un libro in collaborazione con un amico; entrambi disponiamo di Mac; io uso sistematicamente TeXShop; lui usa TeXworks; le sue righe magiche non sono scritte con la sintassi di TeXShop, e il mio fa pasticci perché non le riconosce (invece TeXworks capisce le righe magiche di TeXShop).
Devo dire che il metodo di conversione suggerito da Lorenzo, di eseguire dei search & replace su tutto il file dei caratteri strani da sostituire con i caratteri accentati italiani funziona benissimo nell’80% dei casi, ma è velocissimo; tutto sommato bisogna sostituire, se ci sono, i caratteri strani che appaiono al posto di È, à, è, é, ì, ò, ù (il search & replace va eseguito stando bene attenti che la casellina di ignorare la differenza fra maiuscole e minuscole NON sia spuntata).
Ma se il file contiene altri caratteri diversi da quelli accentati, questa modalità manuale fallisce miseramente o comunque diventa troppo laboriosa.
Non ho ben capito invece come lavori TeXworks. Sicuramente non permette di aprire al volo il file, ma se questo è in una codifica diversa da quella predefinita, ti mostra schifezze ma lo apre comunque. Vero è, come dice Antonio, che il pulsante in basso permette di cambiare codifica e una volta premuto e scelta la nuova e corretta codifica, o ti viene notificato che il documento contiene caratteri non visualizzabili con la codifica che hai scelto, o, quando lo chiudi, ti viene chiesto di salvarlo nuovamente, ma alla riapertura le schifezze rimangono.
A me non succede; da me lavora correttamente coe descritto da Antonio. Il mio TeXworks è preimpostato per lavorare in utf8; apro un file che motra i rombi neri; cerco la codifica giusta con il procedimento descritto da Antonio; scopro che il file è stato scritto in latin1; cambio la codifica nella finestrella rimettendala a utf8 e salvo il file. Chiudo il file; lo riparo e la codifica di default coincide con la codifica del file: utf8.
Approfitto per ringraziare Antonio, perché quella finestrella la vedo da quando uso TeXworks (preferibilmente uso TeXShop, ma saltuariamente uso TeXworks; TeXstudio l’ho montato, ma non lo uso praticamente mai) e non mi ero mai accorto di queste potenzialità; senza togliere nulla aglialtri editor, direi que questa possibilità è unica; forse una cosa simile ce l’ha anche TeXnicle, ma l’ho provato tempo fa e l’ho smontato immediatamente; non ricordo più perchè avevo avuto questa cattiva impressione, comunque lo riesaminerò.