Il file pdf da creare e da smarginare può essere fatto con il solito \iput{disegno.pdf_tex}.
Se vuoi evitare di smarginare con pdfcrop, usa la classe standalone così:
`
\documentclass{standalone}
\usepackage{…}
\begin}document}
\input{disegno.pdf_tex}
\end{document}
`
e non dovresti avere problemi né di font (con \usepackage{…} puoi caricare un qualsiasi pacchetto che ti imposti i font di LaTeX; all’occorrenza non ne carichi nessuno e usi i Computer Modern di default) né di margini bianchi.
Tuttavia per mia esperienza inkscape lascia indietro dei pixel isolati che non vedi a grandezza normale e quindi standalone e pdfcrop ne vengono ingannati e ritagliano un rettangolo più grande del disegno. Controlla benissimo il file prodotto da inkscape con il massimo ingrandimento che ti riesce al fine di individuare questi residui di disegno che devono essere accuratamente cancellati.