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\usepackage{afterpage} % nel preambolo
…
\afterpage{\clearpage}% dove ci vuole
…
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Usa il pacchetto afterpage; metti il comando [tt]\afterpage{\clearpage}[/tt] dopo ogni figura o ogni due figure; in questo modo il comando \clearpage viene eseguito solo a fondo pagina, quindi non ti restano pagine mozze.
Una tesi fatta più di figure che di testo mi lascia perplesso. Ho il sospetto che buona parte di quelle figure debba far parte di una o più appendici, come materiale da consultare, ma separatamente dal testo; eventualmente associate a poche parole di spiegazione, che possono stare anche nella didascalia:
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\caption[titolo della figura breve]{titolo della figura seguito da quanta spiegazione si vuole (magari non più di 10 righe di testo)}
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Nel testo della tesi quelle figure si possono tranquillamente citare mediante il comando \vref{etichette}; \vref sostituisce \ref e \pageref mediante il pacchetto varioref, e a seconda della posizione della cosa citata rispetto al punto della citazione viene generato un testo del tipo “figura 3.5 in questa pagina’, “figura 3.4 nella pagina a fronte”, “figura 3.6 nella prossima pagina”, “figura 3.15 nella pagina 173” e simili.
Ma il copro della tesi deve essere una cosa da leggere, da capire, con le equazioni da interpretare, con le argomentazioni di carattere metodologico da assimilare, senza essere distratti da un eccesso di figure; i riferimenti con l’indicazione della pagina permettono di esaminare facilmente le figure nelle appendici, ma in una seconda lettura, non nella lettura del corpo della tesi.
Poi la tesi è tua quindi la componi come meglio credi; io ti ho fatto quelle osservazioni e ti ho dato dei consigli (non richiesti 🙂 😉 ) come li avrei dati ad un mio laureando.